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抗原表位预测

我们的方法

提供抗原结构与抗体序列,INSPIRE-SEEN 模型将以极高准确度预测结构性抗原表位,为抗体筛选与差异化设计提供关键依据。较传统实验方法成本降低百倍,较现有计算方法准确度提升 28%,从任务提交到结果产出仅需约 10~20 分钟。

验证数据

78%
INSPIRE-SEEN 准确率
+28%
较 AF2-multimer 提升
20min
单次预测时间

为什么需要?

"抗原表位直接与抗体的功能、作用机制、安全性以及有效性相关。结合表位决定了分子功能、临床适应症以及专利布局。提前识别和评估潜在结合表位,对优化药效、降低同质化风险至关重要。"

Key Advantages

技术优势

传统方法局限

周期长成本高

实验手段周期通常需 4-8 周,单点实验成本从数万到数十万不等;传统高通量筛选与结构解析耗时费力。

表达难度大

部分蛋白和抗体表达难度极高,难以通过传统实验手段获取表位信息,尤其是复杂膜蛋白靶点。

计算预测不准

现有的 AF2-multimer、HADDOCK 等计算方法,对抗原抗体结合模式预测的准确度仍然不足(约 50%)。

同质化竞争与耐药瓶颈

与现有抗体表位高度重叠,竞争机制雷同;肿瘤细胞通过表位突变等方式逃逸,缺乏差异化表位难以突破壁垒。

我们的优势

高度准确,持续进化

预测准确度较 AF2-multimer 提高 28%(从 50% 提升至 78%),基于内部海量冷冻电镜数据持续迭代训练。

极速低成本

从任务提交到结果产出仅需约 10~20 分钟,较传统湿实验成本降低百倍甚至千倍。

加速差异化设计

帮助研发团队避开已知抗体表位,在早期锁定新表位范围;高分值表位可定向用于文库筛选或细胞验证。

Validation

验证案例

在 110 个已知表位的测试集中,INSPIRE-SEEN 展现出超越现有主流 AI 模型的能力。以 HER2 靶点为代表案例,验证模型预测表位与真实结合表位的吻合度。

案例 01: 110 测试集对比

Patch 二分类准确率 78%,最高分 Patch 正确率显著超越竞品

在标准测试集上,INSPIRE-SEEN 的 Patch 二分类准确率达到 78%,远超 AF2-multimer 的 50%。

Patch 二分类对比
ModelRecallPrecisionAUROCAUPRC
AF2-multimer0.400.430.650.48
内部模型10.420.520.720.55
内部模型20.270.340.580.37
INSPIRE-SEEN0.520.550.710.60
最高分 Patch 正确率
Model比例
AF2-multimer50%
内部模型160%
内部模型243%
INSPIRE-SEEN78%
案例 02: HER2 × Trastuzumab / Pertuzumab

AI 模型预测表位与真实结合表位高度重叠,正确区分两条抗体的不同结合位置

输入 HER2 抗原晶体结构,以及 Trastuzumab 和 Pertuzumab 抗体序列,INSPIRE-SEEN 模型对结构与序列特征进行深度学习分析,结合已知抗体-抗原相互作用数据,输出高可信度的潜在表位预测。结果显示模型预测的表位 patch 与真实结合表位存在重叠,且正确区分两条抗体的不同结合位置。

HER2 Trastuzumab/Pertuzumab 预测结果对比
绿色:抗原晶体结构
红色:真实结合表位
蓝色:AI 预测最高分 patch
黄色:预测与真实重叠区

Pipeline

计算流程

以亲和力预测 AI 模型为基础的表位预测,通过将抗原表面划分为多个 patch 候选区,并计算其与抗体间的亲和力,精准识别关键氨基酸残基。

输入抗原/抗体信息
Patch 区域划分
亲和力预测打分
选择最优 Patch
输出表位残基

系统先对抗原表面进行 Patch 划分,再通过亲和力模型完成排序,最终输出最可能参与结合的关键表位残基。

适用场景

适用场景与交付说明

适合已有抗体序列、但尚不清楚其在抗原表面可能结合区域的项目。

20 分钟限时折扣 0 积分原价 50 积分 / 抗体 / 次

适用场景

已有抗体序列,需要判断其可能结合的抗原结构性表位
需要比较多个候选抗体在抗原表面的结合区域差异

需要准备

抗原结构文件
抗体序列

交付内容

抗原 Patch 的 PSE 文件(PyMOL 可视化)
表位预测结果文件(Patch 与抗体结合打分)

这项能力相比通用复合物预测模型有什么优势?

表位预测不是简单预测一个复合物姿态,而是把抗原表面拆成 Patch 并对结合可能性评分。模型基于内部冷冻电镜复合物数据持续训练,在已知表位测试集中表现优于 AF2-multimer,更适合做抗体表位定位。

它如何帮助做差异化抗体设计?

通过比较不同候选抗体的高分 Patch,团队可以判断是否避开已知抗体表位、是否靠近目标功能区域,以及多个抗体之间是否有表位差异化空间。

加速您的抗体表位鉴定流程

INSPIRE-SEEN 模型现已开放使用。立即提交抗原 PDB 与抗体序列,15 分钟内获取深度预测分析结果。