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特定表位抗体从头设计

我们的方法

无需动物免疫,直接针对特定表位从头生成全新抗体。核心依赖三大 AI 模型:AbGenerator 生成多样化 CDRH3 序列,AffinityEvaluator 预测结合概率,AbEvolver 模拟亲和力成熟。

验证数据

4
靶点验证
24+
阳性抗体
nM 级
最优亲和力
48h
单次计算周期

为什么需要?

"抗体结合的表位不同,药效甚至安全性都会不同。然而当前主流方法倾向于命中免疫优势区域,对低免疫原性或隐蔽表位,候选抗体往往稀缺甚至为零。"

Key Advantages

技术优势

传统方法局限

困难表位难突破

传统方法倾向命中免疫优势区域,针对隐蔽、保守等困难表位,往往难以获得有效抗体。不同表位可能带来不同药效、安全性和作用机制。

传统方法无法精准控制

当前主流抗体发现方法无法保证获得目标表位抗体。对低免疫原性表位、稀有功能表位及复杂膜蛋白靶点,候选抗体常常稀缺甚至无法命中。

抗体设计难度高于一般蛋白

CDRH3 区构象高度灵活,抗体缺乏丰富共进化信息,抗体结构和抗原/抗体复合物数据规模显著更小,设计难度远超普通蛋白 binder。

我们的优势

精准控制抗原表位

最大优势在于能够精准控制抗体的抗原表位结合,避免传统免疫方法的随机性,实现"指哪打哪"的理性设计。

生成式 AI 设计 CDRH3

基于生成模型从头设计 CDRH3,突破传统模板库与已有 binder 优化路径的限制,拓展候选序列空间。

全人源抗体

生成的抗体具有全人源特性,减少免疫原性;所有设计抗体共享相同轻链,避免重链/轻链错配。

多维评分与全链路报告

结合模型预测与结构特征对候选序列评分筛选,输出候选序列、排序与设计报告,支持团队评审与实验决策。

Validation

验证案例

在多个抗原靶点上,已完成特定表位抗体从头设计验证。针对指定表位设计 1 万级候选抗体后,经湿实验验证可获得多条能够结合目标表位的抗体,亲和力覆盖微摩尔到纳摩尔范围。

针对高难度功能性表位从头设计,获得 7 条 BLI 验证阳性抗体

KD 达 10-7 至 10-9 M;其中 2 条可阻断天然配体结合,并在细胞层面观察到 STAT-3 磷酸化抑制活性,冷冻电镜进一步验证了 P211858 的准确表位。

冷冻电镜表位验证
冷冻电镜表位验证
目标功能表位定义
目标功能表位定义
AntibodyKD (M)ka (1/Ms)kd (1/s)
P955317.10E-072.01E+041.43E-02
P2118531.03E-071.39E+041.43E-03
P2118547.60E-098.50E+046.46E-04
P2118559.62E-089.14E+038.79E-04
P2118567.04E-089.20E+036.48E-04
P2118579.35E-089.46E+038.84E-04
P2118585.87E-099.68E+045.68E-04
P2118593.97E-091.70E+056.75E-04
BLI 全动力学
02040608010010^-11101001000Antibody Conc. (nM)Inhibition Rate (%)
Legend
P211858
P211859
Positive Control
Negative Control
cytokine
Cell only
EC50
SampleValue
P211858159.5 nM
P21185968.30 nM
Positive Control12.53 nM
STAT-3 抑制剂量响应
00.511.522.5310^-410^-310^-210^-1110Antibodies Conc. (μg/mL)OD450
Legend
P95531 (PC)
P211854
P211855
P211856
P211857
P211858
P211859
NC (IPI)
BC (1% PBSM)
EC50
SampleValue
P95531 (PC)0.04748
P2118540.02238
P2118551.319
P2118560.6156
P2118572.490
P2118580.06618
P2118590.03155
抗原结合 ELISA
00.511.5210^-210^-1110Antibody Conc. (μg/mL)OD450
Legend
P95531 (PC)
P211853
P211854
P211855
P211856
P211857
P211858
P211859
NC (IPI)
BC (1% PBSM)
EC50
SampleValue
P95531 (PC)9.840
P211853~ 0.2025
P211854~ 0.000
P211855~ 1.004e+029
P211856~ 0.000
A083 (P211857)~ 0.1119
P2118580.2076
P2118590.1756
阻断活性 ELISA

Pipeline

计算流程

用户指定抗原表位后,围绕这个表位进行抗体设计、结构预测和筛选,最终交付符合预期的全新抗体。

指定目标表位
预测合适框架区
生成 CDRH3
预测亲和力打分
输出报告

实验验证包括:ELISA / BLI / 表位竞争 / 冷冻电镜 / 细胞实验验证

Report

报告示例

以下为抗体从头设计服务交付报告的部分截图,展示了从表位分析到候选序列评估的完整流程。

Lab Guide

湿实验验证指南

设计抗体基于百奥赛图全人源共轻链 RenLite 小鼠训练数据,计算报告提供重链 HCDR3、重链 FR1-FR3 和共轻链序列。以下指南帮助您从计算结果顺利过渡到实验验证。

1

基因合成线性化 scFv 片段

将报告中的三部分序列拼接成 scFv:① 重链 FR1-FR3(计算推荐 10-20 种匹配框架) + ② 重链 HCDR3(可选 1万/20万/100万 三种量级,oligopool 合成) + ③ 重链 FR4-Linker-VK(共轻链部分,固定序列)。

密码子优化(E.coli/Yeast)添加酶切位点 SfiI/NotI重叠延伸 PCR 拼接
2

质控与建库

线性化 scFv 片段需进行质控,确保正确构建比例 ≥60%。正常情况下少量错误构建对展示筛选影响较小。

采用 噪菌体展示筛选(亦可采用酵母展示),3 轮以上筛选后,通过 phage ELISA 判断富集,经单克隆筛选或 NGS 测序获得阳性 binder 序列。

3

重组表达与验证

将阳性 binder 可变区构建为全长 IgG(如 huIgG1/kappa),使用 CHO/HEK293 真核表达系统

结合活性检测

可溶性抗原:ELISA / BLI / SPR;多次跨膜抗原:过表达细胞系或肿瘤细胞 FACS 检测。

表位验证

竞争 ELISA / Epitope Binning 快速分析;更进一步可通过 Cryo-EM / X-ray 结构生物学方法确认。

💡 提示:噪菌体筛选时建议设置阳性菌库(将已知结合抗体或 Benchmark 抗体以 1:10000 比例混入筛选库)作为内控。如需提升亲和力,可直接返回平台使用亲和力成熟流程。

适用场景

适用场景与交付说明

适合已经明确功能表位、希望围绕该表位获得可建库候选的项目。

48 小时18,888 积分 / 表位 / 次

适用场景

已有明确目标表位,希望围绕该位置获得全新候选抗体序列
传统免疫或筛选难以稳定命中目标表位,需要更定向的设计入口

需要准备

靶点结构信息,用于辅助表位定位和设计约束
目标表位信息:表位热点残基

交付内容

抗体从头设计报告(含框架序列与 CDRH3 文库)
抗体框架序列文件和 CDRH3 序列文件
基于文库序列的实验方案,包括建库构建与筛选建议
CDRH3 文库规模选项:10K / 200K / 1M

这项能力相比传统免疫筛选的核心优势是什么?

传统方法很难保证命中指定表位,尤其是低免疫原性或稀有功能表位。从头设计的优势是把起点放在“目标表位”上,通过生成式 AI 直接设计 CDRH3 和框架组合,减少随机筛选带来的不确定性。

为什么重点设计 CDRH3?

CDRH3 是抗体识别抗原的关键区域,但构象灵活、已知结构数据少,传统模板或已有 binder 优化路径容易受限。平台用生成模型扩展 CDRH3 序列空间,让指定表位项目有更多可筛选候选。

全人源和共享轻链设计对后续开发有什么帮助?

全人源特性有助于降低免疫原性风险;共享轻链可以减少重链/轻链错配,降低候选表达和后续 CMC 复杂度,让计算结果更容易进入实验验证。

多维评分报告如何帮助团队做实验决策?

报告会结合模型预测、结构特征和候选序列排序,帮助团队优先选择更可能命中目标表位、且更适合建库和筛选的序列,而不是只拿到一批未排序候选。

开启 AI 驱动的抗体从头设计

从功能需求出发,围绕指定表位设计全新抗体,突破传统方法的局限。